新中国成立之后的1950年代初期，我国烈、急性传染病广泛流行，人口死亡率为25‰，儿童死亡率高达130‰，孕产妇死亡率达万分之150，疾病的预防和治疗面临诸多困难。曾任卫生部部长的钱信忠晚年在回忆文章中说：“毛泽东主席对卫生工作非常关心，作过许多指示和批示。但是，我认为最重要的是他关心群众，关心和重视占全国人口近90%的农民的卫生医疗工作。”
除普及农村医疗卫生，推广“赤脚医生”这一具有鲜明中国特色的农村合作医疗制度等具体举措外，毛泽东还十分重视新中国卫生健康体系建设。
全力领导新中国的卫生防疫工作
1949年11月，毛泽东指示卫生部必须大力加强对卫生防疫工作的组织和领导。经过大规模的疫情调查和研究，1950年1月，卫生部首先展开了对结核病的预防工作。同年10月，卫生部颁布《种痘暂行办法》，规定全国民众必须普种牛痘。1951年4月11日至23日，卫生部在北京召开全国防疫专业会议，制定了鼠疫、霍乱、天花、白喉等19种传染病的防治方案和《法定传染病管理条例（草案）》以及若干防疫工作具体办法。这些方案、条例为此后的卫生防疫工作打下了基础。
1951年9月7日，卫生部副部长贺诚给中共中央写了一份近3000字的工作报告，题为《二十一个月来全国防疫工作的综合报告》，提出了“要使防疫工作收到应有的效果，必需各级党、政领导同志给予适当的重视”的建议。毛泽东看到报告后作了批示，强调卫生工作是“一项重大的政治任务”，要“极力发展这项工作”。这份文件是新中国成立后毛泽东对卫生工作批示的第一份文件，进一步明确了卫生防疫和医疗工作的重要地位和作用，推动了我国卫生防疫事业的发展。
1952年12月，第二届全国卫生工作会议召开。毛泽东为大会题词：“动员起来，讲究卫生，减少疾病，提高健康水平，粉碎敌人的细菌战争”。根据毛泽东的号召，这次会议在周恩来的指示下，把“卫生工作与群众运动相结合”定为卫生工作方针之一，遂确立了新中国卫生工作的四大方针。
1955年12月，毛泽东在为中央起草的通知中，给爱国卫生运动和卫生工作提出了除“四害”和消灭疾病的任务，即基本上消灭老鼠（及其他害兽）、麻雀（及其他害鸟）、苍蝇、蚊子。1956年1月，又把除“四害”及努力消灭危害人民最严重的疾病列入《一九五六年到一九六七年全国农业发展纲要（草案）》，具体规定了在一切可能的地方，基本上消灭老鼠等“四害”。毛泽东在修改《一九五六年到一九六七年全国农业发展纲要（草案）》时指出：“除四害的根本精神，是清洁卫生，人人振奋，移风易俗，改造国家。”10月13日，在最高国务会议上，毛泽东再次指出：“除四害是一个大的清洁卫生运动！是一个破除迷信的运动……如果动员全体人民来搞，搞出一点成绩来，我看人们的心理状态是会变的，我们中华民族的精神就会为之一振。我们要使我们这个民族振作起来。”
中共中央和毛泽东的一系列指示和论述，引导着全国爱国卫生运动向讲究卫生、除病灭害的方向深入发展。广大群众充分显示出聪明才智，创造出不少好的工具和办法。
四川郫县群众用野生植物“打破碗花花”灭蝇，效果很好，受到毛泽东的赞扬。1958年1月上旬，毛泽东还前往杭州，检查了该市小营巷的卫生状况。2月12日，中共中央、国务院联合发布了《关于除“四害”讲卫生的指示》，要求开展一场全国性的灭除“四害”的群众运动，掀起了爱国卫生运动的高潮。
据不完全统计，仅从1957年12月至1958年3月，关于除“四害”、讲卫生问题，毛泽东亲自起草的文件、写的信件和作的批示有10余份。此外，为贯彻卫生工作四大方针还采取了一系列措施，如建立卫生防疫站、妇幼保健站、专科防治所、卫生宣传站等卫生机构；在卫生保健制度方面，采取了全国“免费医疗”的做法。
重视中医药，坚持中西医结合起来
新中国成立前，全国卫生形势非常严峻，尤其是广大的农村缺医少药，全国约有80%的病人未得到正规的医疗救助。为改变这种局面，1949年9月，毛泽东在接见全国卫生行政人员代表时，从保护和发展中医药的角度特别指出，要很好地团结中医，提高中医，搞好中医工作，才能担负起几亿人口艰巨的卫生工作任务。不仅如此，毛泽东还对中医的贡献给予了很高评价。
毛泽东认为，中医药是人民群众赖以防疾治病的主要力量，看不起中医药是一种极端卑鄙的资产阶级思想的反映。1950年8月，第一届全国卫生工作会议召开，毛泽东表达了“面向工农兵”“预防为主”“团结中西医”为新中国卫生工作的三大方针的初步思想，并且题词：“团结新老中西各部分医药卫生工作人员，组成巩固的统一战线，为开展伟大的人民卫生工作而奋斗”。1952年12月，第二届全国卫生工作会议召开，进一步确认了毛泽东提出的“面向工农兵、预防为主和团结中西医”三大卫生工作方针，并提出“卫生工作与群众运动相结合”这样一个新方针。1953年12月，第三届全国卫生工作会议召开。会议根据中共中央和毛泽东的指示精神，结合卫生工作面向工农兵、预防为主、团结中西医、卫生工作与群众运动相结合的方针落实情况，总结了新中国成立以来卫生工作的成绩、经验和教训，要求更加努力地培养卫生工作干部。月底，毛泽东在杭州刘庄宾馆小憩时说：“中国对世界有三大贡献，第一是中医。”
1955年12月，成立了中国中医研究院和中医研究班。1956年，中央召开了西医学中医的卫生厅局长会议，并且决定在上海、北京、广州和成都各建一所中医大学。这些措施，对于提高中国的医学科学水平、在全国范围开展群众性的西医学中医的活动起了促进作用。
1958年3月10日，毛泽东在成都会议上再次提出学习和研究中医学文化的问题。同年10月11日，毛泽东致信杨尚昆，在谈到西医离职学中医的问题时指出：“我看如能在一九五八年每个省、市、自治区各办一个七十至八十人的西医离职学习班，以两年为期，则在一九六○年冬或一九六一年春，我们就有大约二千名这样的中西结合的高级医生，其中可能出几个高明的理论家。”“这是一件大事，不可等闲视之。中国医药学是一个伟大的宝库，应当努力发掘，加以提高。”对西医学文化学习中医学文化的关键问题，提出了具体的实施意见。
1959年1月21日，毛泽东批发邓小平送审的《人民日报》社论稿《认真贯彻党的中医政策》，再次强调全党要认真对待中国医学文化发展的问题。
1965年，毛泽东在《六月二十六日对卫生工作的指示》中，在提出“把医疗卫生的重点放到农村去”的口号的同时，也从另一种角度强调了西医学中医从而发展人民的卫生事业的思想。
在新中国成立之后，毛泽东高度重视我国卫生健康体系建设，从而使我国卫生工作取得了举世瞩目的成就，人民健康和生命得到了有效的守护。